在《本经疏证》一书中，用不下于6000字的长文，结合张仲景在《伤寒杂病论》中对于生姜与干姜的具体运用，深刻地剖析并阐明了二药之异同。
姜以中夏发生，感火气以动，感土气以昌盛，以培充金气，迨交燥令而气乃全，用乃具。随采收方法及时节之不同，而有生姜与干姜之分，其禀性亦有异。姜贯火、土、金三者为一体，其能事为“具火性于土中，宣土用于金内”。其所针对的病机是“以中土无火，故使土用乖，而金不效其节宣之职”。所谓“土用乖”，就是指“中宫清气阻遏而不至肺(则气雍于上，胸满，咳逆上气之病生)；浊气捍格而不至大肠(则气滞于下，肠澼、下利之患作)”。
生姜与干姜，两味药皆味辛，性偏于温或热，皆可入于肺、脾、胃经，其功效皆可温肺与温中，为散寒之要药。仲景无论是治外感或治内伤，皆常使用。最著名的代表方如桂枝汤、生姜泻心汤之用生姜，理中汤和四逆汤之用干姜。
然而，二药也确实有所区别。就拿《本经》对于姜药性的记载来说，其前面一截之“味辛，温，大热，无毒，主胸满，咳逆上气，温中，止血”是言干姜；而后面一截之“出汗，逐风湿痺，肠澼，下痢”是属生姜。而《别录》对此二药药性的记载也有所不同，即干姜“主治寒冷腹痛，中恶，霍乱，胀满止唾血”，生姜则“主治伤寒头痛，鼻塞，咳逆上气，止呕吐”。这说明二者的主治是有差异的。
概要言之，生姜与干姜，不特味有厚薄，气亦有厚薄，俗话说“嫩姜没有老姜辣”。《阴阳应象大论》曰:“味厚则泄，薄则通。气薄则发泄，厚则发热。”惟其发且通，斯能走；惟其泄且热(干姜)，斯能守。故生姜长于解表发汗止呕，走而不守，功主横散(以其得夏气多)，因而在上可以止逆，在下可以挽溜，在中又可定倾颓、行津液，此外还可解半夏、南星毒。凡系阴邪搏阳，当使阴横散，阳乃畅通者，生姜皆能主之。如治“身体如风痺状”之桂枝黄芪五物汤，因其证为“阴外裹而在内之阳不振”，故倍生姜逐在外之阴邪束缚，使肾阳外布。再如生姜半夏汤证之“胸中似呕不呕，似哕不哕，彻心中愦愦然无奈者”，乃系寒邪挟饮逼迫气分，故也重用生姜以驱饮散寒。
生姜又多与大枣同用，尤能治汗后虚邪势将入里者。二药并用，不仅取其辛甘发散，更重要的是取大枣能“助十二经，补少气少津液，身中不足”，有崇正以驱邪之意。“《伤寒论》用生姜方凡三十有五，而协枣者至二十有九；《金匮要略》用生姜方除经见《伤寒论》者，犹三十有二，其协枣者亦一十有八，统而计之，其不同枣用者仅十之三。”如主“出汗”及调和营卫之桂枝汤，“逐风湿痺”之桂枝附子汤、白术附子汤、桂枝芍药知母汤、桂枝黄芪五物汤，以及治“出汗”、往来寒热之小柴胡汤等方中皆生姜与大枣并用。
干姜，其“辛，温、大热”之性过于生姜，除为脾肺药外，尚可兼入心、肾经，为理中、补虚、驱寒之要药。在理中汤证之所以用之者，就在于其病机为“中无所守”，“盖惟中虚，是以客气得入；惟中寒，是以不能逐而使出，故理中补虚，即其制出之权；其驱寒，即其制入之威”，从而使中气得守。在理中汤基础上加减变化而成的桂枝人参汤、干姜人参半夏丸、薯蓣丸和旋覆代赫石汤等方，都无不“恃姜为却寒散满之长城”，即使是对待以寒凉，而治中焦寒热不和之半夏泻心汤证、黄连汤证等，也都恃干姜之作用不浅。
干姜所治为在中之水饮，非在上之痰。故小青龙汤、真武汤中用之。由于干姜受气足，足则上达肺，下通大肠，外及皮毛，中镇沸逆。而生姜则受气微，微则仅能由中及上，故止散外感、止呕吐耳。又因干姜得秋气多，故功兼收敛，长于温中回阳而在四逆汤中用之。尤其是通脉四逆汤证，以病既植根中气之虚而中寒，所以方中要倍用干姜。干姜能温经止血，故仲景在柏叶汤、桃花汤等虚寒性之出血证方中用之，但须泡过后用。炮姜有黑与不黑之殊，不黑者治血分虚寒而无热，如产后血虚发热之类；黑者则治中气虚而化热以伤血者，如唾血、利血之类。治化热伤血者，干姜最好以童便炮制为宜。至于上虚不能制下之甘草干姜汤证，因用干姜尚嫌其横溢而肺益虚，故亦需炮用，炮过后，可以自肺及脾及肾也。
总之，干姜味辛气温，能令外不敢入；性守不走，能令内不敢出，重在一个“守”字。生姜功在横散，长于发汗解表止呕，散阴以畅阳，故《本经》言其“久服去臭气，通神明”，现代治中风方剂中亦多用生姜取汁。干姜可代生姜，生姜不可代干姜。呕者多用生姜，间亦用干姜。咳则必用干姜，不得用生姜。调中可混用生姜与干姜，但解外不可混用。干姜之治呕为兼及他证，而用生姜则专治呕。
另外，四逆汤有附无姜，“难取坚壁不动之效”；“干姜既得附子，一主其中，一主其下，一主守，一主走，若轻车，若熟路，风行雷动，所当必摧，所击必败，阴散斯阳归，阳归斯病已”。所以，干姜与附子合用，可以称为回阳救逆之绝配，或称最佳组合。
